Estudios realizados señalan que Montibelli cuenta con zonas que albergan poblaciones de flora y fauna importantes para el equilibrio ecológico de la subcuenca, con significativos remanentes de bosque en regeneración natural; los cuales podrían ampliar su cobertura vegetal, e influir en el repoblamiento de las especies faunísticas.

Se han identificado 115 especies de árboles, agrupados en 46 familias, siendo la familia más representativa Bignoniaceae (cortez, roble, sardinillo), Mimosaceas (Guanacaste, genízaro, gavilán), Moráceas (Chilamate, matapalo, higuerón, hule, ojoche) y Fabaceae (guachipilín, madero negro, helequeme, chaperno).

Se ha determinado la presencia de 156 especies faunísticas, (aves 105, mamíferos 32, reptiles 17, anfibios 2) agrupadas en 51 familias, identificándose al menos 17 especies con categoría CITES, es decir, especies en peligro o amenazadas de extinción entre ellas mono congo, sahino, guatusa, perico del Pacífico y 6 especies de colibríes.

Por su parte grupos de entomólogos han iniciado la identificación de especies especialmente mariposas, de las cuales se han identificado 55 especies de mariposas diurnas, propias del bosque seco y bosque de nebliselva. También se encontró la especie de libélula : Coryphaeschna apeora, que no se había identificado antes en Nicaragua. Actualmente se están investigando escarabajos, hormigas y avispas.

Un listado de las especies identificadas se presenta a continuación.

1. Aves
2. Mamíferos
3. Reptiles / Anfibios
4. Mariposas
5. Insectos
6. Flora